日前，國家海洋局第三海洋研究所聯(lián)合浙江大學(xué)、深圳華大基因及中國海洋大學(xué)等單位，共同完成了我國重要海水經(jīng)濟(jì)魚種大黃魚全基因組測序，并繪制出大黃魚基因組精細(xì)圖譜。該研究成果近期在線發(fā)表于《美國公共科學(xué)圖書館·遺傳學(xué)》（PLoS Genetics）上。
據(jù)了解，大黃魚是目前我國海水網(wǎng)箱養(yǎng)殖單產(chǎn)量最高的魚種，相關(guān)產(chǎn)業(yè)鏈年產(chǎn)值達(dá)100億元。但近年來，大黃魚種質(zhì)退化、抗逆性差、病害頻發(fā)等問題嚴(yán)重制約了其產(chǎn)業(yè)的持續(xù)健康發(fā)展。同時(shí)，大黃魚具有的一些特殊生理及行為特性，如對環(huán)境脅迫敏感，尤其是對低氧和空氣暴露等極為敏感等，這使得它可能作為研究環(huán)境脅迫應(yīng)答機(jī)制的良好模型。為此，該研究團(tuán)隊(duì)采用細(xì)菌人工染色體與全基因組鳥槍法相結(jié)合的方式，對大黃魚全基因組進(jìn)行了測序，并獲得了大黃魚基因組精細(xì)圖譜。
據(jù)悉，此次組裝的大黃魚基因組大小為679兆，基因區(qū)覆蓋率達(dá)到98%以上，包含25401個(gè)蛋白編碼基因。研究結(jié)果顯示，大黃魚不僅具有發(fā)達(dá)的先天性免疫系統(tǒng)，還具有相對完整的獲得性免疫系統(tǒng)，其中大多數(shù)CD4+1型輔助性T細(xì)胞、CD4+2型輔助性T細(xì)胞和CD8+T細(xì)胞相關(guān)基因都存在于大黃魚基因組中。該研究進(jìn)一步揭示了神經(jīng)—內(nèi)分泌—免疫/代謝新的調(diào)控網(wǎng)絡(luò)，在大黃魚腦應(yīng)答低氧脅迫中發(fā)揮著重要的作用，并發(fā)現(xiàn)皮膚粘液蛋白在大黃魚應(yīng)對空氣暴露脅迫中的多重保護(hù)功能。這些研究結(jié)果為魚類環(huán)境脅迫適應(yīng)性的分子遺傳機(jī)制提供了新認(rèn)識。同時(shí)，大黃魚全基因組數(shù)據(jù)也為培育性狀優(yōu)良的大黃魚抗逆品種提供了有價(jià)值的基因資源，對于推動(dòng)大黃魚產(chǎn)業(yè)的持續(xù)發(fā)展具有重要意義。
